密閉式冷卻塔在日常使用中暴露在空氣中，空氣中有許多懸浮物、塵埃、雜質會時不時的堆積在冷卻塔中，所以密閉式冷卻塔會呈現污垢堆積。許多的生物藻泥也會在關閉的冷卻水體系中許多繁殖，構成堵塞現象。

冬天很少用密閉式冷卻塔。可是密閉式冷卻塔里會積許多水，密閉式冷卻塔里的水肯定會腐蝕密閉式冷卻塔的內部。時間長了，腐蝕性物質會積累，會構成一些嚴重的腐蝕。

密閉式冷卻塔循環水中含有無機鹽、有機物和微生物等。，有些時節水溫可達35℃以上。如果關閉冷卻水長時間不轉化或許水量彌補缺乏，長時間不清洗不消毒，會繁殖許多細菌，其中比較典型的細菌便是軍團菌，會構成流行性疾病。在密閉式冷卻塔的冷卻水中，它們中的許多繁殖并構成微生物氣溶膠，一部分直接流入密閉式冷卻塔周圍的空氣中，800米內都會受到影響。因此，城市的密閉式冷卻塔是城市污染的主要來歷。